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Des résultats prometteurs montrent que la diversité inexploitée du microbiote du sol et des plantes peut améliorer la tolérance/résistance des plantes à des pathogènes/ravageurs. En étudiant et utilisant ces microbiotes, l’agriculture moderne peut ainsi relever le défi de concevoir une nouvelle génération de solutions agroécologiques permettant d’accroître la résistance des plantes aux stress biotiques pour une protection des plantes et une production végétale plus saines et durables. DEEP IMPACT vise à combiner l'écologie, la microbiologie, la biologie moléculaire, la génétique des plantes et les biostatistiques pour identifier, caractériser et valider les communautés microbiennes modulant la résistance du colza et du blé à plusieurs bioagresseurs de ces cultures. En rejoignant le projet  DEEP IMPACT vous participerez à un projet collaboratif pluridisciplinaire et rejoindrez un collectif de recherche dynamique.

Environnement de travail :

Le poste sera conduit dans le cadre du projet de recherche DEEP IMPACT géré par l’ANR du programme PPR Cultiver et Protéger Autrement, projet coordonné par Christophe MOUGEL (UMR IGEPP, INRAE Rennes). Vous intégrerez l’équipe Ecologie et génétique des interactions plantes-microbiotes-bioagresseurs. Les objectifs de l’équipe sont de produire des connaissances sur (i) la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés d’organismes associées aux racines des plantes (microbiotes (bactéries, champignons, protistes) et nématodes), (ii) les bases fonctionnelles des interactions entre plantes-microbiotes et différents bioagresseurs racinaires et (iii) les bases génétiques et d’adaptation des interactions plante-microbiotes-bioagresseurs. Le poste sera localisé sur le site INRAE de Le Rheu (35).

Missions : 

Vous assurerez :

• Une participation aux collectes des échantillons pour la microbiologie ;
• Le développement d’une collection de microorganismes (bactéries et champignons) à partir d’échantillons de blé et colza (sols rhizosphériques, racines et feuilles) prélevés dans un réseau de parcelles à deux dates de développement des cultures, ce développement comprenant :
  • l’isolement à haut débit de souches microbiennes (bactéries et champignons) par des approches de culturomique appliquées à des échantillons biologiques (sols, racines et feuilles de végétaux),
  • la caractérisation génétique des souches par des approches de biologie moléculaire,
  • la caractérisation phénotypique et métabolomique des souches (Biolog OMNILOG),
  • la mise en collection des souches;
• La gestion des collections microbiennes et le suivi du cycle de vie des données associées ;
• La rédaction des protocoles selon des normes AQ ;
• La rédaction de bilans expérimentaux et la communication des résultats.

Formation et compétences :

BTS/DUT (Bac+2)

• Formation recommandée : BTS/DUT en microbiologie, en analyses biologiques.
• Connaissances souhaitées : Connaissances en biologie moléculaire et physiologie microbienne ; des connaissances en analyse de la diversité seront appréciées.
• Aptitudes recherchées : grande rigueur et sens de l’organisation, curiosité, sens de l’observation, aptitude au travail en équipe et à la communication.

Informations :

• Contrat : Mission temporaire
• Lieu et laboratoire : UMR 1349 IGEPP 35650 Le Rheu (Centre INRAE Bretagne-Normandie)
• Durée : 2 ans renouvelable 1 an
• Début du contrat : 01/09/2021
• Rémunération : 1663.54 € à 1813.49 € brut/mois
• N° de l'offre : OT-11801
• Date limite : 01/08/2021
• Contact : christophe.mougel@inrae.fr

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